Zbiory Berlińskie, nazywane potocznie „Berlinką”, obejmują zbiory specjalne (szereg cennych kolekcji archiwalnych)  oraz druki pochodzące z byłej Pruskiej Biblioteki Państwowej w Berlinie (Preußische Staatsbibliothek zu Berlin). Stanowią one zasób o wyjątkowym znaczeniu dla kultury i historii europejskiej.

W skład zbiorów specjalnych wchodzą muzykalia (w tym najbardziej znane autografy muzyczne: partytury Johanna Sebastiana Bacha, Wolfganga Amadeusza Mozarta czy Ludwiga van Beethovena), zbiory kartograficzne i graficzne (m.in. Libri picturati) oraz obszerny i różnorodny zasób znajdujący się w Sekcji Rękopisów BJ – kolekcje autografów, zbiory rękopisów oprawnych (kodeksów) oraz spuścizny, a także rękopisy i druki orientalne.

Zbiory Berlińskie znalazły się w Krakowie w wyniku wydarzeń II wojny światowej. Od 1941 r. wywożono je etapami z bombardowanego Berlina, by uchronić je od zniszczenia. Trafiły najpierw do zamku Fürstenstein (dziś Książ), a następnie do kościoła cystersów w Grüssau (dziś Krzeszów) na Dolnym Śląsku. Miejscowości te po 1945 r. weszły w skład państwa polskiego. Tam Zbiory Berlińskie zostały znalezione przez delegata Ministerstwa Oświaty, prof. Stanisława Sierotwińskiego, poszukującego archiwaliów wywiezionych z bibliotek Krakowa, Warszawy i Lwowa. W 1946 r. zbiory z byłej Pruskiej Biblioteki Państwowej przekazano Bibliotece Jagiellońskiej, która je przechowuje, konserwuje i od końca lat 70tych udostępnia naukowcom, a także wspomaga organizacyjnie i merytorycznie badania nad nimi.